Pvo da primjetim da imaš preduvjete za ispravan prikaz HR znakova:
- baza je utf8 :)
- php dokument je spremljen kao utf-8 without BOM :)
- u zaglavlju HTML-a (ako ispisuješ html u pdf) je meta charset utf-8 :)
- još ti fali klasa/library koji podržavaju unicode i unicode fontovi
Koliko ja znam fpdf (koji je odličan) nema podršku za unicode ali tfpdf je klasa koja fpdf klasi dodaje podršku fpdf-u za unicode.
ovo je primjer iz dokumentacije koji je meni radio
<?php
require('tfpdf.php');
$pdf = new tFPDF();
$pdf->AddPage();
// dodaj Unicode font (UTF-8)
$pdf->AddFont('DejaVu','','DejaVuSansCondensed.ttf',true);
$pdf->SetFont('DejaVu','',14);
$txt = 'čćžšđČĆŽŠĐ';
$pdf->Write(8,$txt);
// test standardnih fontova (windows-1252)
$pdf->SetFont('Arial','',14);
$pdf->Ln(10);
$pdf->Write(5,'čćžšđČĆŽŠĐ');
$pdf->Output();
?>
PDF izgleda ovako:

Meni je ova osobno najdraža i još radi i sa setasign-om :D
<?php
//hrvatski prijevod za tcpdf (ovo je opcija)
require_once('config/lang/hrv.php');
//tcpdf
require_once('tcpdf.php');
// kreiraj novi PDF dokument
$pdf = new TCPDF();
// ukloni header i footer
$pdf->setPrintHeader(false);
$pdf->setPrintFooter(false);
// dodaj jednu stranicu u pdf dokument
$pdf->AddPage();
$fontovi = array('times', 'freesans', 'courier', 'dejavusans', 'freemono', 'freeserif', 'helvetica');
foreach($fontovi AS $font){
//tekst koji će se ispisati u pdf-u
$html = 'Testiram hrvatske znakove ČĆŽŠĐčćžšđ - '.$font;
//definiraj font za tekst
$pdf->SetFont($font, '', 12);
// ispiši
$pdf->Write(0, $html, '', 0, 'L', true, 0, false, false, 0);
}
// pošalji pdf
$pdf->Output('pdf_sa_hr_znakovima.pdf', 'I');
?>

Od svih meni su ove 2 klase odlično radila sa HR znakovima.